二周目开启后，需确保图鉴收服超过60种宝可梦，大木博士会主动升级图鉴至全国模式。前往枯叶市码头乘船抵达一岛，与网络中心NPC对话得知修复机器需要红宝石。随后向右冲浪至灯火山，山顶洞穴左侧可遭遇火焰鸟，建议提前准备高级球或催眠类技能。下山后在山脚右侧击败两名火箭队残党，进入洞穴深处取得红宝石，交还NPC后获得彩虹通行证，解锁七岛间自由航行权限。
乘船前往四岛，右上角冰洞需攀瀑术进入，深处协助科纳击败火箭队并获取蓝宝石线索。随后转至五岛，右侧空地火箭队仓库需双重密码，当前仅掌握其一。折返六岛标记森林深处，按上左右下顺序推石进入地下取得蓝宝石，但会被NPC抢走并留下第二组密码。返回五岛仓库输入密码，击败内部头目后夺回蓝宝石，最终交予一岛NPC完成通讯系统修复。
七岛为最终探索区域，训练师之塔可挑战高强度对手提升队伍等级。华蓝洞窟需从华蓝市冲浪进入，深处需碎岩开路，超梦等级高达70级且技能全面，建议携带恶系或虫系宝可梦克制其超能力属性。若未捕获三神鸟，可借机在火焰鸟、急冻鸟（双子岛）、闪电鸟（无人发电厂）的栖息地补全图鉴。
二周目主线结束后仍可自由探索，如四岛老者赠送波克比蛋（需首位宝可梦亲密度高且队伍有空位），或前往不归洞穴完成护送NPC任务获取道具奖励。七岛横向废墟需特定条件触发事件，建议保留各类秘传机技能以应对复杂地形。
