捕捉传说中的宝可梦是游戏的核心玩法之一。这些稀有宝可梦通常拥有强大的能力和独特的背景故事，捕捉它们需要玩家掌握特定的触发条件和技巧。玩家需要完成主线剧情中的关键任务，例如解开圆珠市烧焦塔的封印，释放炎帝、雷皇和水君三圣兽。这三只宝可梦会在城都地区的特定地点随机出现，等级为40级，遇见后会立刻逃跑，因此玩家需要多次追踪和尝试捕捉。
除了三圣兽，玩家还可以通过特殊剧情捕捉其他传说中的宝可梦。携带2009年剧场版赠送的闪光皮丘并前往桐树林的神社，可以触发叉耳朵皮丘加入队伍的剧情。携带阿尔塞罗斯并完成图鉴后，玩家能在阿鲁夫遗迹触发三大空间神兽的剧情，选择帕路基亚、迪亚路加或奇拉蒂娜。这些宝可梦的捕捉需要玩家提前准备好强力的队伍和足够的精灵球。
水君的捕捉流程与其他两只圣兽略有不同。它会在多个特定地点按顺序出现，每次遇见后都会逃跑，直到最后的地点才会与玩家战斗。水君的出现场所包括湛蓝市的海滩、42号道路中段、枯叶市岸边、14号道路右侧水中以及25号道路正辉家附近。玩家需要耐心追踪并利用飞天技能快速移动，以提高捕捉效率。
在捕捉传说中的宝可梦时，建议玩家使用具有睡眠或麻痹效果的技能，以降低宝可梦的逃脱概率。携带具有踩影或沙穴特性的宝可梦可以防止目标逃跑。对于高等级的传说宝可梦，建议玩家提前保存游戏进度，以便在捕捉失败后重新尝试。玩家还可以利用游戏中的道具和技能机器，进一步提升捕捉的成功率。
捕捉完成后，这些宝可梦将成为玩家队伍中的强大战力，帮助玩家挑战更高难度的对手。通过掌握这些技巧和策略，玩家可以更高效地完成传说中的宝可梦捕捉任务，体验游戏的完整内容。
