通关一周目后，读取存档即可进入二周目，初始地点为自家门前。大木博士会前来询问图鉴收集情况，若已捕获60种以上宝可梦，可前往研究所升级为全国图鉴模式。随后前往精灵联盟会发现冰系天王科拿暂时无法挑战，需乘船前往一岛开启新剧情。在一岛网络中心与NPC对话得知需要红宝石修复设备，前往灯火山击败火箭队余党并取得红宝石，交还后获得彩虹通行证，解锁七岛之间的航行权限。
从一岛向右冲浪可抵达光辉之路，洞穴内的温泉可回复宝可梦状态并获取HM06碎岩术。继续前进至灯火山顶层可遭遇火焰鸟，建议提前准备高级球或大师球。下山后在山脚右侧洞穴深处取得红宝石，返回网络中心触发后续任务，需继续寻找蓝宝石。地图更新，可自由探索七岛区域，其中四岛科拿家的冰洞需使用攀瀑术（HM07）深入，协助其击败火箭队后得知五岛存在火箭队基地。
五岛的火箭队仓库需密码进入，在此之前需从六岛标记森林右侧洞穴取得蓝宝石。该洞穴需居合斩开门，按特定顺序（上、左、右、下）掉落至底层，但蓝宝石会被NPC抢走并留下仓库密码。返回五岛仓库击败守卫后夺回蓝宝石，最终在一岛完成设备修复。七岛的训练师塔和遗迹山谷是后期关键区域，前者可挑战高强度训练师，后者需推石解谜触发未知图腾事件。
若未在一周目捕获三神鸟，二周目可前往无人发电厂（闪电鸟）、双子岛（急冻鸟）和灯火山（火焰鸟）补抓。超梦则需在华蓝洞窟最深处遭遇，等级高达70级，建议携带恶系或虫系宝可梦应对其超能力属性。最终四天王阵容强度提升，冰系天王科拿的乘龙与迷唇姐需重点防范，毒系天王的耿鬼与龙王快龙也需针对性配招。
二周目并非简单重复剧情，而是通过七岛任务、神兽捕捉和强化战斗深化游戏体验。合理规划道具使用与队伍搭配，尤其是大师球、复活草和属性抗性药剂的储备，能显著降低挑战难度。任务线结束后仍可自由探索，包括隐藏洞穴和特殊对战设施，为玩家提供持续的游戏动力。
