赛尔号中精灵融合是一项核心玩法，通过将两只精灵进行融合可以获得更强大的新精灵。融合过程需要满足特定条件，包括主精灵需达到最终进化形态，副精灵等级不限。融合前需准备对应的材料，不同属性的精灵融合需要不同类型的能源结晶，例如火焰元素、水之精华等。融合操作在实验室的精灵中心完成，通过二代精灵培育界面进入融合转生舱，将主副精灵分别放置于左右两侧。
融合过程中需注意材料搭配的合理性，虽然部分融合公式允许随意放置材料，但使用与精灵属性相匹配的能源能提高成功率。融合后会生成特定颜色的元神珠，不同颜色的元神珠对应不同属性的新精灵。红色元神珠通常由火系精灵融合产生，蓝色元神珠来自水系精灵组合，紫色元神珠则多与超能系精灵相关。元神珠需要前往对应星球吸收能量精华才能激活孵化。
孵化阶段需使用NONO的元神赋形功能，该过程需要一定时间。部分特殊元神珠如双属性元神珠需要前往两个不同地点吸收能量。孵化出的新精灵将继承主副精灵的部分特性，并可能获得全新技能和属性加成。融合存在失败概率，失败会导致材料损失和副精灵等级下降，但不会影响主精灵状态。
后期培养是融合精灵价值最大化的关键。新获得的融合精灵需要通过战斗提升等级，解锁全部技能槽。部分高阶融合精灵还能进行二次融合进阶，进一步提升实力。资源分配方面，建议优先培养属性互补或技能组合优秀的融合精灵，合理规划培养路线能显著提升战斗效率。实验室还提供其他融合玩法如装备融合等，这些系统与精灵融合相辅相成，共同构成赛尔号完整的培养体系。
