舰船搭配的核心在于平衡火力、防御与功能性。根据舰船定位可分为前排抗伤型（如ST59、奇美拉）、中后排输出型（如卡利斯托、大帝）、支援维修型（如苔原、谷神星支援型）以及特殊功能型（如防空舰光锥、攻城舰诺玛）。前排需优先配置高护甲或闪避属性的舰船，中后排则侧重选择单发伤害高且能无视护甲的武器类型，例如离子炮或脉冲武器。能量武器因无视护甲机制在实战中优势明显，而实弹武器需注意敌方护甲值以避免输出衰减。维修舰在前期作用显著，但后期因治疗量不足逐渐被替代，仅建议在对抗NPC或低级城防时使用。
舰队编组需考虑移动速度与指挥值分配。移动速度由舰队中最慢舰船决定，高速护卫舰（800以上）适合包夹战术，而龟速战巡（250左右）仅能用于主力推进。指挥值上限制约舰船数量，需避免过度堆叠高消耗舰船导致阵容失衡。主力舰队建议以6艘以上前排搭配巡洋舰级输出，剩余指挥值补充防空或载机单位；高速舰队则应侧重护卫舰和驱逐舰，利用包夹机制绕过敌方前排直接攻击中后排。增援指令可临时补充ST59或大帝等战巡，但需注意增援舰船的移速是否拖累战术执行。
武器系统与战斗序列是战术克制的关键。每艘舰船武器的战斗序列决定其攻击优先级，例如红宝石级可针对性克制以驱逐舰为主的敌方阵容。防空单位需根据战场动态调整，若敌方航母载机量大则需编入区域防空型舰船（如光锥防空无人机）。攻城属性舰船可单独编组高速拆家队，针对敌方采矿平台或前哨站进行骚扰。需注意舰船子型号差异，例如星云追逐者脉冲炮型强度远超基础型，而谷神星支援型则是顶级维修舰。
小行星稀疏区仅允许护卫舰、驱逐舰和工程舰进入，而高能辐射区限制巡洋舰及以上舰船活动。合理利用地形可规避敌方主力，例如大吨位舰船无法进入小行星区时，可用刺水母等高攻护卫舰实施游击。资源采集与战斗舰队需完全分离，工程舰编组应最大化装载量与采集效率，避免占用战斗指挥值。
初期可依赖系统赠送的FG300装甲型或066等低成本舰船过渡，后期逐步替换为高强度的子型号或战巡。技术点分配应优先强化主力舰船的关键系统，如前排护甲或输出舰火力模块。定期通过战报分析敌方阵容弱点，针对性调整舰船类型与武器搭配。
