通关一周目后想要开启二周目冒险，关键是要完成图鉴收集和触发特定剧情。首先确保你已经收服了至少60种不同宝可梦，这个数量达标后大木博士会自动来找你升级全国图鉴。这时候你会发现四天王中的科拿不在联盟，这是二周目剧情开始的信号。
接下来需要前往一岛的网络中心，那里有个NPC会告诉你修复机器需要红宝石。这时候要重新探索灯火山区域，在右边会遇到两个火箭队残党，打败他们后进入山洞深处能找到红宝石。把红宝石交给网络中心的NPC后，他会给你彩虹通行证，这样就能自由往返七岛之间了。
拿到通行证后建议先去四岛，那里能遇到劲敌小茂但不会战斗。在岛上能找到科拿的家，她家右侧有个冰洞需要攀瀑技能才能通过。洞里会遇到火箭队和科拿，帮科拿打败火箭队后得知他们下一个目标是五岛。五岛右侧空地的火箭队仓库需要密码才能进入，这时候要先去六岛找蓝宝石。
六岛右侧海滩冲浪可以到达标记森林，穿过森林能找到变化的洞穴。从六岛右边往下走会发现一个需要用居合斩打开的洞穴，按顺序掉进左、右、下的洞口就能找到蓝宝石。拿到蓝宝石后会被跟踪的NPC抢走，但他会留下火箭队仓库密码。回到五岛仓库打败里面的NPC拿回蓝宝石，再交给一岛网络中心就能完成设备修复。
最后别忘了探索七岛的训练师塔挑战强力对手，以及寻找三神鸟和超梦。灯火山顶层能遇见火焰鸟，无人发电厂深处有闪电鸟，双子岛最深处是急冻鸟，而超梦在华蓝洞窟最深处等着你。记得带上足够的精灵球和恢复道具，这些传说宝可梦都不好对付。
