初始精灵的选择是妙蛙种子、小火龙和杰尼龟。这三种精灵各有特点，选择时需要综合考虑属性克制、技能搭配以及后期成长潜力。开局精灵将直接影响前期道馆挑战的难度和游戏体验，因此需要慎重选择。
小火龙是三个初始精灵中后期潜力最大的选择，其最终进化形态喷火龙拥有出色的速度和特攻种族值，打击面广且技能丰富。但需小火龙前期会面临岩石系和水系道馆的克制，需要搭配其他精灵辅助过渡。妙蛙种子则是开局最平稳的选择，草毒双属性在前期道馆战中表现优异，尤其对第一个岩石系道馆有显著优势，但后期输出能力相对较弱。杰尼龟属于均衡型选择，水系属性在中期表现突出，但成长曲线较为平缓。
从属性克制角度来看，第一个道馆为岩石系，第二个道馆为水系。选择妙蛙种子可以轻松应对第一个道馆，但在第二个道馆会陷入劣势；小火龙则相反，前期两个道馆都将面临克制；杰尼龟在第一个道馆处于劣势，但第二个道馆能发挥属性优势。这种克制关系决定了玩家需要根据自身战术风格做出选择，偏好稳健开局的玩家更适合妙蛙种子，而追求后期强度的玩家则可能倾向小火龙。
技能学习方面，小火龙能掌握火焰喷射、龙之怒等高威力技能，妙蛙种子拥有寄生种子、阳光烈焰等战术性技能，杰尼龟则擅长水炮、冰冻光束等水系招式。三种精灵的技能池都较为丰富，但侧重点不同。游戏中的技能机器分配也会影响精灵的发挥，比如早期获得的居合斩更适合由非主力精灵学习以节省主力技能栏位。
选择小火龙需要更好的资源管理和过渡精灵培养，妙蛙种子能提供更顺畅的前期体验但后期需要队伍补足输出，杰尼龟则在各个阶段表现均衡。建议玩家根据自己偏好的游戏节奏和战术风格做出选择，三种精灵都能通过合理培养成为队伍核心。
